Hajdú János 1952-ben született a Zala megyei Gelsén. Édesapja Hajdú János gazdálkodó. Édesanyját korán, még születése évében elvesztette. Testvére György (1945) vasesztergályos, féltestvére Mária (1958) postai tisztviselő. Nős, felesége dr. Fehérvári Erzsébet, ügyvéd.
1970-ben érettségizett a Zalaegerszegi Általános Gépipari Technikumban, majd 11 hónapos katonai szolgálat után a Gödöllői Agrártudományi Egyetem Mezőgazdasági Gépészmérnöki Karának hallgatója lett. 1976-ban gépészmérnöki diplomát szerzett.
Fiatal diplomásként a Paksi Állami Gazdaság Gyapai Kerületében helyezkedett el. Itt gyakornok, gépműhelyvezető, majd gépesítési ágazatvezető. Gyapa pusztán élt 1990-ig, munkahelyén mezőgazdasági gépek javításával, karbantartásával, üzemeltetésével, valamint mezőgazdasági épületek és berendezéseik fenntartásával foglalkozott. Munkáját (párton kívüliként) állami díjjal, a Munka Érdemrend bronz fokozatával ismerték el. Ez idő alatt szakmérnöki diplomát szerzett a gödöllői egyetemen gépjavítás és alkatrészgyártás szakon, majd abszolutóriumot gazdálkodás szakon.
1988-ban társaival, közöttük Dávid Ibolyával, létrehozzák az MDF Tolna Megyei Szervezetét. Paksi barátaival 1989-ben megalakítják az MDF Paksi Szervezetét, melynek hosszú időn át az elnöke. Egy időre az MDF Országos Választmányának tagja. 2006 áprilisában 18 év után, a pártvezetés, számára követhetetlen lépései miatt MDF tagságát kilépéssel megszünteti.
1990-ben magánvállalkozást alapít, társával Nagydorogon benzinkutat épít, majd üzemeltet 2005-ig. Időközben másik vállalkozásba is kezd, üzlettársával egy külföldi ásványvíz és üdítőitalt gyártó cég importőre és hazai forgalmazója 2004-ig.
1990-ben, az első szabad önkormányzati választáson a paksi képviselő-testületbe jut. A gazdasági bizottság vezetőjeként és a pénzügyi bizottság tagjaként részt vesz a helyi pénzügyi, gazdasági jelegű önkormányzati szabályozások (rendeletek) kidolgozásában.
A paksi önkormányzat második ciklusában ellenzéki képviselő, az általa helytelenített városvezetési módszerek elleni tiltakozásként az utolsó évben lemond mandátumáról.
1998-tól az 1-es számú választókörzetben nyer egyéni mandátumot. 2002-ig ismét a paksi képviselő-testület gazdasági bizottságát vezeti. Ebben az időben meghatározó szerepet vállal az erőmű és a város megromlott kapcsolatának helyreállításában.
2002-ben, Paks városában polgármesterré választják, s egyben az 1-es körzet képviselőjének is. 2004-től a 14 Paks környéki települést tömörítő Paksi Többcélú Kistérségi Társulás elnöke.